对于肛周脓肿初期，可以选择手术治疗，将脓肿切开进行详细探查，脓腔的分泌物，留取进行细菌学的化验。另外，要清拭脓腔壁，避免残留。术中可能会有一些出血的发生，手术以后，脓腔首先应该进行填塞。
肛周脓肿多表现为肛周局部红肿、疼痛等症状，大多由细菌感染导致。应到医院检查，对症治疗。平时注意少吃辛热、油腻、粗糙、多渣的食品，忌烟酒、咖啡等。要心情开朗，勿郁怒动火。每次排便后要用温热水将患部洗干净，然后再擦干。
婴儿肛瘘宜先行保守疗法，若无发热等全身症状，不需要用药，可用温水或中药坐浴，然后用棉花或柔软的纱布轻轻擦干，另外，要保持大便通畅和局部干燥清洁，尿布应柔软、透气性好，勤洗勤换。
不可以保守治疗。由于保守治疗容易导致继发性肛瘘的形成，肛周脓肿是一种主要由继发性肛窦炎引起的疾病，长期不能反复治愈。反复便秘和腹泻刺激直肠和肛管，当人体免疫力低下或疲劳时，可诱发局部感染并形成脓肿。
治疗肛周脓肿的过程中，医生会根据患者的病情决定如何治疗。初期的肛周脓肿通常是可以不做手术的，但是需要将农业去除干净。医生会采用穿刺法将脓肿刺破，使脓液顺利排出。还会对造成肛周脓肿的病因来进行药物治疗，也有很好的效果。
一般肛周脓肿是需要手术治疗的。若想保守治疗，是用些抗生素静脉给药，另外在肛肠外科检查血常规，让医生检查一下肛周处的脓肿，是否需要手术。平时禁烟酒，饮食要清淡些，不吃辛辣、刺激性的食物，多吃蔬菜水果，多喝水，保持大便的通畅，穿透气的内裤。