治疗女性排卵障碍，可以内分泌紊乱入手，对有合并有内分泌紊乱疾病的病人，还要接受内分泌紊乱的治疗，在内分泌状态相对良好的时期怀孕，可以减少流产率及孕期并发症的发生。或者加强黄体功能，部分排卵异常是由黄体功能不足所致的，也需要加强黄体功能。
排卵障碍治疗应该按照其发病原因开始入手，通常最主要讲述的是最常见的一种由于内分泌失调而导致的排卵障碍，排卵障碍也可以称之为不排卵是女性不孕临床上非常常见的原因，排卵与下丘脑、垂体以及卵巢功能有一定关系，排卵障碍不孕病患应该及时检查治疗，因此，排卵障碍的治疗主要是针对病因采取有效的治疗措施。
治疗排卵障碍的医院哪家好这要视个人情况而定。到北京的三级甲等医院进行诊断和治疗更好一些。做个系统的检查，导致排卵障碍的因素有很多，包括有卵巢功能障碍、下丘脑功能障碍、垂体功能障碍等。对症施治、中西结合。
治疗的目的主要是建立有排卵的正常月经周期，恢复生育能力，消除多毛。一旦建立了正常的月经周期，就能受孕，卵巢也不再产生过多雄激素，多毛也随之消失。恢复正常月经周期。
进行手术治疗。目前临床采用卵泡穿刺术针对无排卵或者是排卵不正常的女性，病人多囊卵巢综合症的病人。促卵泡发育并正常排卵，提高怀孕率。具有操作简便、无需住院；促进卵泡发育；基本无创伤、痛苦极小。