治疗女性排卵障碍，可以内分泌紊乱入手，对有合并有内分泌紊乱疾病的病人，还要接受内分泌紊乱的治疗，在内分泌状态相对良好的时期怀孕，可以减少流产率及孕期并发症的发生。或者加强黄体功能，部分排卵异常是由黄体功能不足所致的，也需要加强黄体功能。
排卵障碍治疗应该按照其发病原因开始入手，通常最主要讲述的是最常见的一种由于内分泌失调而导致的排卵障碍，排卵障碍也可以称之为不排卵是女性不孕临床上非常常见的原因，排卵与下丘脑、垂体以及卵巢功能有一定关系，排卵障碍不孕病患应该及时检查治疗，因此，排卵障碍的治疗主要是针对病因采取有效的治疗措施。
治疗的目的主要是建立有排卵的正常月经周期，恢复生育能力，消除多毛。一旦建立了正常的月经周期，就能受孕，卵巢也不再产生过多雄激素，多毛也随之消失。恢复正常月经周期。
引起不排卵的原因也是有很多的，比如内分泌性失调，或是患有多囊卵巢综合症，或是卵巢早衰等都有可能，做检查分析出具体的原因。使用药物应慎重，一定要在医生指导下使用。
排卵障碍治疗的方法：促排卵治疗：适用于有生育要求的病患，常用的促排卵药物，人类绝经期促性腺激素、促卵泡生长激素、促性腺激素释放激素，这些药物的使用应是慎重的，要在医生指导下使用，避免多胎妊娠、流产等发生。
中医师认为排卵障碍也是由于肾虚所致，可兼气虚、血热、肝郁、血虚或痰阻所致。中药促排卵药物需从补肾健脾、益气生血、疏肝解郁、化痰通络着手，从整体上调理女性生理功能从而达到促排卵的作用，平时要注意饮食，积极锻炼身体。