常见的方法有保守治疗和手术治疗，保守治疗主要分为抗炎和中药灌肠或口服，抗炎主要用于输卵管积水伴有腹痛、发热。中药灌肠或者口服主要用于无腹痛、无发热的慢性输卵管积水。手术主要用于有生育要求的和输卵管积水较严重，保守治疗不理想。
输卵管积水易引起粘连、堵塞，严重者可导致不孕，临床上多通过腹腔镜进行检查、治疗。术后一个月可以进行性生活，增加怀孕机率，尽快达到怀孕目的。处理方案如下：分离输卵管粘连，排出积水，增加怀孕机会，但可再次粘连、积水，不可进行二次手术；辅助生殖技术：促排卵过程可产生孕激素，使输卵管与子宫接口松弛，积水倒流宫腔，易冲掉种植的胚胎，降低试管婴儿的成功率；通过输卵管造口可排出积水，提高试管婴儿成功率。
输卵管积水采用国际先进的输卵管镜、宫腔镜、腹腔镜三镜联合技术直接作用于病变部位疏通生殖通道，技术无痛苦、恢复快、受孕率高。手术时间及费用需根据输卵管病变程度来定。
治疗输卵管积水有效的方法是输卵管切除或输卵管近端结扎，这样彻底去掉产生积水的组织或把积水堵截在子宫以外，为小宝贝着床提供干净舒适的子宫环境。如果单纯抽吸输卵管积水，就像楼道漏水仅仅把地拖干净，源头问题没有解决，积水还会产生、返流子宫。也可以考虑抗炎等保守治疗的方法，但输卵管积水多数是慢性炎症导致，保守治疗收效甚微。
输卵管积水的体积比较大，症状比较严重，会压迫周围正常的组织或器官如子宫、卵巢，有生育要求，则要及时行手术治疗。手术治疗可行输卵管伞端造口术、输卵管开窗术、以及盆腔粘连松解术等。术后注意应用5至7天抗生素预防感染。
输卵管积水的治疗要根据情况而定，如果积水量比较少，建议采用保守治疗方法，该方法与治疗慢性输卵管炎相同，可以结合中西医，进行消炎及辨证治疗。若输卵管积水量较大，积水的输卵管与卵巢相粘连，并与卵巢中的卵泡囊肿相互贯通，或已形成较大的输卵管卵巢囊肿，一般保守治疗效果就不好了，应考虑手术治疗。