治疗女性排卵障碍，可以内分泌紊乱入手，对有合并有内分泌紊乱疾病的病人，还要接受内分泌紊乱的治疗，在内分泌状态相对良好的时期怀孕，可以减少流产率及孕期并发症的发生。或者加强黄体功能，部分排卵异常是由黄体功能不足所致的，也需要加强黄体功能。
常见的影响卵巢功能的疾病有：先天性卵巢发育不全、多囊卵巢综合征、影响内分泌功能的卵巢肿瘤，以及部分恶性肿瘤，破坏了卵巢正常的组织结构，这样势必会影响女性的排卵功能。下丘脑、垂体、卵巢轴功能障碍导致的排卵障碍：如果在下丘脑部位患有肿瘤，或受过外伤，表现为肥胖、月经不调，甚至闭经，内外生殖器官发育不全或萎缩，直接影响卵巢的排卵功能。
治疗的目的主要是建立有排卵的正常月经周期，恢复生育能力，消除多毛。一旦建立了正常的月经周期，就能受孕，卵巢也不再产生过多雄激素，多毛也随之消失。恢复正常月经周期。
出现排卵障碍，应该注意查找病因，比如有可能是卵巢本身疾病，也有可能是下丘脑、脑垂体分泌的促激素水平偏低，具体还要医生做相关检查，才能给予相应的对症处理措施。如果只是卵巢排卵障碍，可以在医生指导下使用促排卵药物，可以促进卵巢卵泡发育，有利于卵泡排出。
检查治疗排卵障碍的问题，需要挂不孕不育科或者生殖科，如果没有这些科室可以选择妇科。要去正规专业医院进行检查治疗，治疗方法多以药物治疗为主，多选择相关的激素进行治疗。