菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
通常情况下，吃了益生菌拉肚子可能是胃肠功能紊乱、肠道菌群失调等情况导致的。
益生菌可以调节肠道菌群，如果肠道功能紊乱或者肠道菌群失调，则说明肠道中含有大量的有害菌，益生菌等有益菌进入肠道后，会与有害菌进行抗争，导致腹泻，通常一两天后，菌群就会恢复正常，这是益生菌的调节作用。另一种是消亡反应，人体突然进入某种细菌后，会产生一些副作用，通常一到两天会逐渐消失。
宝宝如果有消化不良引起的拉肚子，可以喝益生菌治疗。严重看看医生，输液治疗.延长喂奶的间隔时间.让肠胃休息休息.多喂水.如果在添加辅食应该暂停添加.或减少辅食添加.好转后再循序渐进恢复.尤其不要吃不消化的食物。
拉肚子的时候可以吃益生菌。益生菌有利于恢复肠道菌群生态平衡，控制腹泻，增加益生菌的数量能抑制肠道致病菌的生长繁殖，限制条件致病菌的生长。应用益生菌对感染性腹泻特别是病毒性腹泻有明显的疗效。对于慢性腹泻患者，可以使用活菌制剂进行治疗。需注意的是，益生菌和抗生素不能同时使用，因为很多抗生素都有抑制或杀灭益生菌的作用。
拉肚子不可以吃益生菌的，由于喂养不定时，量过多或过少或食物成分不适宜，如过早喂食大量淀粉或脂肪类食物，突然改变食物品种；对牛奶或某些食物成分过敏，喂食后可发生腹泻。传统的腹泻治疗方法，主张让患儿禁食一段时间.然而，这样有碍于身体的营养补充，容易发生营养不良.现在不要让腹泻的宝宝吃益生菌。
益生菌吃多不会拉肚子，因此不用过于担心。
益生菌是不会引起腹泻的，其作用是调节肠道的机能，可以有效地缓解便秘和拉肚子。而且，益生菌是一种有益的细菌，可以调节人体的菌群，同时也可以保证生产的安全性。吃多以后腹泻，不一定是吃了益生菌，而是肠胃受寒，或是有肠炎，需要去消化内科进行大便常规化验。在日常生活中。需要养成良好的生活习惯，避免过度劳累。