儿童肥胖主要危害是会引起发育异常，并给健康带来诸多潜在危害。
肥胖会引起儿童性发育异常，部分儿童会因肥胖导致性发育障碍，男孩出现隐睾，乳房膨大等性器官和性征发育障碍，女孩则出现性早熟或月经异常；儿童一旦肥胖，由于体内脂肪比例增高，酸性代谢产物排泄不充分而蓄积量增大，儿童会经常感觉疲困乏力，贪睡，不愿活动；过度肥胖导致呼吸系统功能下降，血液中二氧化碳浓度升高，大脑皮层缺氧，儿童学习时注意力不易集中，影响儿童的智力发育。
建议在日常生活中，父母应注意孩子的体重，调整孩子的饮食结构，防止儿童肥胖的发生。
生殖器短小也许是因为肥胖造成的，可以通过减肥来进行治疗，如果减肥以后阴茎还是发育短小，孩子还小，可以通过补充雄性激素来促进阴茎的发育。平时注意适当锻炼。可以吃一些热量比较低的食物。
儿童的肥胖与摄入过量的高脂食品有关，一般认为是由于某种疾病引起的，比如：垂体瘤，肾上腺皮质功能亢进，肾上腺皮质瘤等。
因此需要进行头颅ct，肾上腺的ct检查，还有血液检查、血压，可以通过测量血压来判断患儿有无血压，抽血检查可以检查患儿的血脂、空腹血糖、空腹胰岛素、餐后两个小时的血糖，从而明确病因，并进行相应的处理。
排查儿童肥胖症要先排除继发性肥胖，而继发性肥胖主要是下丘脑肿瘤导致，还有皮脂腺增多症、甲状腺功能减退症等原因，主要有以下几种：
第一，神经内分泌源性肥胖。神经内分泌系统的疾病导致的，继发性肥胖因下丘脑和下丘脑长瘤会导致激素分泌过多，从而引起肥胖。
第二，遗传综合征。一些症状可能病因不明，如色素视网膜炎、性功能减退、小胖威利综合征、多指畸形综合征，都要到医院排查。
第三，医源性肥胖。服用某些药物，如糖皮质激素、三环类抗抑郁药等，长期服用可能导致医源性肥胖。还有颅脑手术影响下丘脑也会导致医源性肥胖。儿童肥胖症要进行排查，排除继发性肥胖，再根据原发性肥胖治疗。
小孩子肥胖症可以通过控制饮食和加强体育运动来改善。小孩子肥胖可能是因为吃了高热量的食物不爱运动所导致的，可以通过控制饮食，吃一些粗粮食物，含有膳食纤维的食物，促进肠胃的蠕动，减少高脂肪的引入，能够让孩子变瘦。同时让孩子多做一些体育运动，每天饭后走路半个小时，可以促进体内的能量燃烧，长久的坚持一段时间后可以变瘦。