通常情况下，月经第三天查性激素六项属于经期。具体情况分析如下：
正常情况下是在月经来潮的第三到五天去医院抽血检查性激素六项，通常这个时间段属于经期，经期人体内的激素水平波动较小，比较稳定，往往可以较为准确反映身体内的内分泌的情况，如果月经结束后再去检查性激素六项，体内的激素水平迅速上升，可能会出现误差，影响到检查结果。
月经第3天查性激素六项属于卵泡期。月经第3天查性激素六项从化验的结果，可以了解到卵巢功能是否正常、促黄体生成素与促卵泡素的比值是否正常、雌二醇是否正常，并且可以了解泌乳素、雄性激素以及孕酮是否正常。在临床上主要用于月经不调、不孕不育、先天性子宫发育不良等病症辅助检查。建议月经第3天查性激素六项的时候，在空腹状态下抽血，并且在抽血之前要休息十分钟左右。
经量过少考虑为黄体功能不足或是气滞血瘀导致的，其次不能完全排除是流产次数过多引起的，经期注意休息避免过度劳累，保持会阴清洁干燥。到当地正规专业的妇科医院做全面检查，然后根据诊断结果调理用药治疗。
通常情况下，月经不调在月经来潮期间的第2~5天可以查性激素六项。具体情况分析如下：
这是卵泡形成的初期，每周进行6项检查，可以了解到卵巢的功能状况。女性月经不调，与激素分泌失调、气血不足等因素有关；此外，女性有宫寒、某些妇科炎症等疾病也有可能引起月经不调。需要在医生的指导下进行检查，并有针对性的治疗。
月经量少可以检查性激素六项。
如果是内分泌紊乱，可以进行进行性激素六项检测。来月经后三日内最好是去医院做个全面的体检，最好是在体检之前先空腹八个小时，同时还要注意休息。如果有什么不正常的情况，可以口服黄体酮、地屈孕酮等。如果没有任何问题，需要做甲状腺功能、B超等检查，确定月经不正常的情况后进行相应的治疗。