前列腺囊肿如果体积很小，而且不引起任何症状，那么不需要进行特殊治疗，也没有任何药物可以使囊肿消除。如果囊肿较大，引起排尿或者射精不适，那么可以去泌尿外科就诊，进行前列腺囊肿电切手术，可以取得较好的治疗效果。如果是位于直肠附近，那么可以进行经直肠的囊肿穿刺。
较小而无症状的囊肿可以不必治疗，较大的囊肿或者有症状的囊肿，药物治疗无效，可以采用手术治疗。手术治疗的途径有经膀胱途径、经膀胱外途径、经会阴途径以及经直肠途径。腹腔镜切除前列腺囊肿具有组织显露清楚、手术时间短、创伤小、不造瘘、出血少等优点，是治疗向尿道后方及膀胱颈突起的前列腺囊肿的首选方法。
这种疾病，治疗率相对较高。在用中药治疗时，需要考虑药物治疗和治疗的效果。还需要知道的是使用中药来对疾病进行良好的分类。是对于前列腺囊肿应该考虑在疾病中完成中医的分类，易于计算应采用加减治疗。
较大的囊肿或有症状的小囊肿可用手术治疗。急性前列腺炎的治疗包括周身情况改善及局部治疗。最重要的是针对病因进行治疗，预后是良好的。平时一定要多加注意，对于自己的行为习惯，和运动饮食习惯都要有个良好的规范，这样对于治疗前列腺囊肿会有非常大的帮助，任何一种病情不要等到恶化到不可挽救的时才去治疗，到那个时候就为时已晚了。
如果囊肿很小，一般不必治疗或者药口服抗生素药物治疗，无效，可以实施穿刺治疗法，也可以手术治疗，如腹腔镜切除前列腺囊肿术，如果有生育要求的，手术时要保留精阜。