治疗传染性软疣可以通过药物治疗、物理治疗等方式改善。
传染性软疣可以通过口服外治来达到根治的目的。在临床上可以使用西多福韦制剂、米奎莫特栓剂、水杨酸制剂等。比如，水杨酸制剂可以促进皮肤的愈合。同时还可以口服一些不能治疗的传染性软疣。该方法也被称作疣体夹除，是一种很好的治疗方法。医生用碘伏消毒了一下，然后用碘伏固定住疣体的根部，用力一扯，就把疣体给拔了出来。在把疣体取出来以后要先用棉签止血，然后进行消炎杀毒，然后口服一些抗生素。
病毒性软疣通常可采用物理、药物的方法治疗，部分病人能自行痊愈。
传染性软疣为传染性软疣病毒感染所致，是一种皮肤传染性疾病，临床上以皮肤表面发生绿豆粒大圆形丘疹为特征。如有需要，可采用冷冻、激光、电灼等物理方法除去疣体，或使用抗病毒药物，从而达到根治的目的。
传染性软疣通常没有最好的药，药物治疗方面可以使用阿昔洛韦片、碘酊、苯酚等。
遵医嘱服用阿昔洛韦片对传染性软疣病毒的治疗有效。也可以用镊子挤出损伤中心乳酪状物质，然后用牙签蘸上酚或碘酊滴在挤空损伤处，一星期左右可愈合。如损伤为小丘疹，可用牙签蘸上少许苯酚，需要2~3天后再少许涂抹，通常经过10多天即可治愈。
传染性软疣一般可以使用局部药物、全身药物进行治疗。
传染性软疣是传染性软疣病毒感染所致的传染性皮肤病，皮损为成簇的微小珍珠状丘疹。患者可以使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等局部药物，西多福韦等全身药物进行治疗。
日常须遵医嘱坚持用药，注意个人卫生。
传染性软疣，一般情况下是不会出现误诊的现象，主要治疗方式为疣体夹除术，也可以使用药物，冷冻，激光和手术切除等方法治疗。
传染性软疣在临床上发病率较高，且其皮损时间较长，受累范围较广，较易伴瘙痒，皮损周围湿疹化及临床其他非典型性表现，通常采用皮肤涂片显微镜下观察明确判断后再积极对症处理。
生殖传染性软疣物理治疗好得快。
生殖传染性软疣处的皮肤呈半球状，有蜡样光泽，比较孤立性、散在，所以治疗起来并不困难。对于较少的疣体，可以去医院通过刮刀刮除。另外就是通过微波治疗。微波的温度很高，可以瞬间固化坏死，不会再出现，而且一般不会留下疤痕。