干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
一般“人乳头瘤病毒什么药治最好”的说法不合理，患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗。
人乳头瘤病毒可以通过外用药来进行局部用药，例如五氟尿嘧啶软膏，以及口服干扰素等全身免疫调节剂。人类表皮细胞是HPV感染的唯一的寄生因子，它可以透过受损的皮肤侵入到表皮，并在表皮上繁殖，造成表皮上皮细胞增生，从而造成疣样病变。同时也可以进行激光、冷冻等局部外科治疗，或者是外敷药物。
人乳头瘤病毒感染可按医生的要求及时用干扰素治疗，亦可服胸腺肽、转移因子之类的药治疗。
对于患者来说，需要选择合适的方法进行预防和治疗，比如外用干扰素，口服胸腺肽、转移因子。此外，也可通过物理等方法加以改进，比如激光或冷冻。如情况严重或者出现并发症，亦可采用手术切除。
治疗过程中，要重视补充人体需要的养分补充，忌刺激性食物。
人乳头瘤病毒能引起人体皮肤黏膜的鳞状上皮增殖。表现为寻常疣、生殖器疣等症状。长期慢性炎症刺激可以导致皮肤和黏膜癌变，最常见的是宫颈癌。治疗方面主要是物理治疗和药物治疗。物理治疗的目的是去除肉眼可见的瘤体和亚临床感染，方法包括：激光、微波、冷冻、电灼、手术切除、光动力疗法等。其次还有药物治疗等。
缺乏特效治疗，主要以全身支持疗法和对症治疗为主。电烧灼是较老的一种治疗方法。过去常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。还可以用中药治疗，中草药对减轻一些病毒性疾病的症状、缩短病程可能有一定的疗效。
人乳头瘤病毒感染通常不好治疗。
人乳头瘤病毒感染传染性较强，主要通过性接触传播。人乳头瘤病毒感染患者常会诱发尖锐湿疣、寻常疣等疾病，还可能会有癌变的风险，患者可能会患上宫颈癌。由于人乳头瘤病毒感染通常容易复发，因此治疗起来比较困难，建议患者尽量配合医生进行治疗，以控制病情的进展。