人乳头瘤病毒感染通常可以采取物理疗法和药物治疗。
以皮肤光滑为特征，为寻常疣。这种病毒主要侵犯人类乳头瘤病毒感染所致的皮肤粘膜病变，足跖部位寻常疣叫跖疣；出现于生殖器部位者称尖锐湿疣。一般认为，对于慢性病毒性和非特异感染所致的疾病应进行全身或局部综合疗法。局部可采取冷冻治疗，激光治疗等，亦可外涂药物，比如鬼臼毒素酊等。
人乳头瘤病毒的治疗方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
1、物理治疗：有电灼，利普刀切除术、冷冻治疗、微波治疗等。
2、药物治疗：常用的药物为咪喹莫特乳膏治疗，适用于局部肿瘤的消除和局部病灶的清除。此外还可以使用免疫抑制剂，通过白介素类药物，增强病人的自身免疫功能，排除阳性体征。
人乳头瘤病毒的治愈方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
人乳头瘤病毒的物理治疗方法可迅速清除肉眼可见瘤体及临床感染。这些物理方法主要有冷冻，激光，手术切除，电灼等。药物治疗以减轻疾病症状为主，常用的药物有氟尿嘧啶软膏，行局部药物治疗。也可采用免疫疗法，该疗法以辅助疗法为主，能降低复发概率，可采用卡介苗等。
人乳头瘤病毒需要严格按照医嘱进行治疗。治疗分为常规治疗、药物治疗等。
综合治疗上保持饮食清淡，注意休息。目的在于提高病人的身体素质，增强机体的抵抗力，从而尽可能的清除病毒。或者采取药物治疗，常用的药物有干扰素软膏、依托泊苷软膏等。这种药物能抑制病毒的增殖，清除病毒。用药期间需要暂时避免同房，并定期复查。
物理治疗：包括电灼、利普刀切除术、冷冻治疗、微波治疗等。可应用抗HPV生物蛋白敷料，其转阴率较高；还可应用免疫抑制剂，通过白介素类药物，提高患者自身免疫功能，消除阳性体征。
人乳头瘤病毒感染根据分型，治疗方式存在差异。
例如人乳头瘤病毒感染低危型，在不引起宫颈病变的情况下，病毒可由本身抵抗力清除。人乳头瘤病毒并不引起宫颈病变，属慢性宫颈炎之类可应用促病毒消失药物，如干扰素、生物蛋白敷料，及保妇康栓之类的药物，以有助于人乳头瘤病毒的去除。高危的情况下，可能需要手术进行治疗。