治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
病毒疣这个一般会感染人类的皮肤和表层黏膜。有高度的特异性，生长在生殖器官附近皮肤和黏膜上的人类寻常疣、尖锐湿疣以及生长在黏膜上的乳头状瘤。病毒疣一般只能对症治疗，激光冷冻治疗即可，主要是要提高免疫力，因为这个是病毒感染，只有靠免疫力将病毒打败才是最根本的方法。
初起为淡红色丘疹，渐成菜花状、鸡冠状、乳头状等。容易传染、复发性强。治疗不当或反复发作有恶性病变的可能。有冷冻，激光，同位素和药物等方法。前三者需要到专业地方治疗否则会留疤痕，药物治疗是纯中药制剂，直接涂抹在疣体上，就会自己结痂脱落的。
病毒疣是属于一种病毒感染，长相很像鸡眼和疙瘩状，粗粗的硬块，所以常被患者误以为鸡眼而延误治疗，是一颗颗地角化硬块，肉眼下可见一些黑色的小点位于此硬块中，这些小黑点都是皮内出血点。由此点可以跟鸡眼做一个分辨。
通常病毒疣可以根治。
就寻常疣而言，可以用冰冻、雷射、电离子来进行。出现大范围的皮肤炎症时，可以给予免疫调节剂，例如：干扰素、卡介菌多糖核酸注射液等，还可以服用转移因子胶囊。还有就是传染性软疣，通常只要进行有效的刮疣就可以了，一般可达到较好的治疗效果。