可以通过免疫组织学检查：常用过氧化物酶抗过氧化物酶方法即PAP，显示湿疣内的病毒蛋白，以证明疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时，尖锐湿疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。
如果单单表现为尖锐湿疣，在短期内容易反复发作，经过积极的治疗后，愈后是非常好的。如果治疗不积极不彻底。时间长了可能会造成局部的恶性病变，发生在阴道内，会造成一些宫颈癌的情况，发生在外生殖器部位，可能会形成阴茎癌或者有一部分会转变为鳞状细胞癌等，应该早些进行积极的治疗。
病理学检查。组织病理学检查是诊断性病性肉芽肿的可靠方法，从活动性损害的边缘取材，HE染色可见表皮有角化不全、颗粒层消失、棘层肥厚、海绵形成和假性上皮瘤样增生，呈蓝黑色，似别针状。
生殖器肉芽激光以后的都要配合药物来治疗，进行综合治理。目前，治疗尖锐湿疣的方法是用传统中药与西药结合治疗，强力阻断尖锐湿疣病毒的复制，给人结扎一样，使其不能产生新的病毒。
生殖器疱疹要治疗半个月能恢复。生殖器疱疹的治疗标准是6个月未复发，血测抗体检查3-4次均为阴性即为临床治疗。生殖器疱疹很容易复发，生殖器疱疹治疗后三个月是其复发高峰，随着时间的延长，复发的可能性降低，传染性也降低。所以说经过治疗后六个月没有复发，就算是临床治治好，如果一年没有复发，那么以后的复发可能性就很小。
根据患者的症状表现一般表现为，外生殖器或肛门周围有群簇或散在的小水疱，2～4天后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。病毒培养，核酸检测：通过聚合酶链反应（PCR）等方法检测HSV-2核酸。
