肛门疣主要是切除疣体，再加上抗病毒治疗。尖锐湿疣多通过高频电切、电凝的方式将疣体切除，外涂抗生素软膏保护创面，预防感染；后续反复发作的话，需要多次切除。再在专业医师指导下，定期注射药物来抑制病毒复制。
小儿肛门疣怎么治疗，小孩在七八个月的时候发现肛门四周长了比米粒还小的疙瘩首次去医院看医生说是带尿不湿弄得开点膏药回来擦了没用去了大医院一查是肛门湿疣后期做了一次火激光没用又做了两次冷冻加光照还是没有用现在疣体越长越大了有什么方法或去医院有方法。
以局部用药为主，每天涂药多次，七天左右可以治好，不需吃药打针挂水等全副身心性治疗，激光、冷冻等常规的物理方法治标不治本，单独用多在短期内复发，可配合伤口涂药治好。患者要引起重视，以免加重病情。
可以先用药物控制病情后，再进行激光、电灼、冷冻、手术治疗。治疗期间要注意保持局部清洁卫生，避免不洁性生活，多吃一些清淡的食物，多吃水果蔬菜，多喝一些温水。不要喝酒或者吸烟。
治疗肛门湿疣有几种方法，首先是内治法，服用中药治疗。其次是外治法，对于小型疣，可用烧灼，或用电烙法。然后是手术治疗，多用于大型疣体。局部注射药物预防复发。治疗期间避免性生活。平时可以口服药物，锻炼身体，看看中医吃点中药增加抵抗力，可以减少复发。
激光治疗通常用激光采用烧灼法，其适用女阴阴茎或肛周的湿疣。微波治疗采用微波手术治疗，局麻将杆状辐射探头尖端插入疣体基底当，疣体变小变硬即可抽出探头。射线治疗，临床上应用射线治疗尖锐湿疣副作用少复发率低。
