妊娠期尖锐湿疣的治疗妊娠妇女因体内激素水平的变化，免疫功能低下，胎儿重力压迫，致外阴充血，分泌物增多，潮湿，更适宜于HPV繁殖，故妊娠期尖锐湿疣应及早治疗，多以局部物理治疗或三氯醋酸外涂，避免使用细胞毒性药物，对有较大的尖锐湿疣病人应规劝其终止妊娠，避免胎儿经产道感染，分娩应采取剖宫产术。
男性人乳头瘤病毒可以进行药物治疗、手术治疗以及物理治疗。
感染人乳头瘤病毒后，可以采用利普刀切除，冷冻治疗，微波治疗。药物治疗一般是在局部涂抹。最普通的有米奎莫特。还可以使用抗hpv生物蛋白的辅料。也可以使用诸如白介素、干扰素等免疫抑制剂。
干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
人乳头瘤病毒的感染是可以通过药物来治疗的。
如果病人感染了HPV，可以在医生的指导下应用他克莫司软膏或者咪喹莫特软膏，以减轻病人的痛苦。还可以通过使用转移因子等药物来增强身体的免疫力，从而达到恢复的目的。对于严重的人乳头瘤病毒，可以通过外科手术切除。
人乳头瘤病毒是一种病毒，并不需要治疗，若是出现感染是可采取药物治疗。
重组人干扰素α-2b凝胶为临床治疗人乳头瘤病毒感染常用药物，能发挥广谱抗病毒作用，能够组织病毒蛋白质合成，抑制该病毒生长。还可配合胸腺肽肠溶片、转移因子胶囊等药物进行治疗。
用药时，通常需在医生指导下使用，避免出现不良反应。
人乳头瘤病毒阳性的情况考虑患了尖锐湿疣。传统的治疗尖锐湿疣的方法，如激光、冷冻、药物等，都只能祛除表面疣体，但是对深层的病毒束手无策。目前有种方法通过提升病人自身免疫力，实现清除抑制病毒复制，促使病情的恢复。