治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
可以去进行液氮冷冻，激光或冷冻或者火针治疗，这是非常有效果的办法。疣是人类乳头瘤病毒所引起，是由病毒引起的一种皮肤表面赘生物，具有一定的传染性。平时要避免抓挠，以防止感染。
通常病毒疣可以根治。
就寻常疣而言，可以用冰冻、雷射、电离子来进行。出现大范围的皮肤炎症时，可以给予免疫调节剂，例如：干扰素、卡介菌多糖核酸注射液等，还可以服用转移因子胶囊。还有就是传染性软疣，通常只要进行有效的刮疣就可以了，一般可达到较好的治疗效果。
出现疣可以采取冷冻的方法治疗，另外可以根据病情使用抗病毒药物治疗，可以到医院皮肤科就诊，在医生指导下进行治疗。平时要注意皮肤卫生，避免挤压摩擦疣体，防止出现异常影响，防止出现增大增多。
病毒疣的治疗首先要看病毒疣长在什么部位、疣体的大小和多少来制定治疗方案。如果病毒疣主要长在面部、手背部疣体扁平，那就叫扁平疣，如果比较多，急性发作，可以用系统的治疗方法，用一些提高免疫力的药物，如果是长在掌跖部位，数量较少，个体较大，可以用物理的去除的方法如：冷冻治疗、激光、微波治疗。如果是长在生殖器部位的病毒疣，很容易复发，就要系统和物理治疗。
病毒疣具体的治疗方式也各不相同，所以也不能确定哪一种是最好的。
目前疣的治疗方法有冷冻、电灼、激光、外用药物等。其目的是破坏疣体，调节局部皮肤生长，刺激局部或全身的免疫应答。
治疗要考虑疣的类型、年龄、治疗史和治疗效果，任何一种治疗都要在2~3个月内进行。注意并不是全部疣都要治疗，有些疣如果不经过处理就会自动消退。