一般情况下，治疗传染性软疣常用的外用药以抗病毒药物为主，如维A酸霜、氢氧化钾溶液、硝酸银软膏、鬼臼毒素霜等，同时也可以外用咪喹莫特乳膏。
传染性软疣的治疗目的，是将损害中的软疣小体完全挤出或者挑除，对于散发的可以用镊子或者血管钳夹住疣体，将之刮除，然后用碘伏消毒，压迫止血。
首先如果是数量比较少，患者的抵抗力比较强的话，可以观察，可能在数月之后皮疹会消退。这样的患者是不需要治疗的。但是大部分人或者说是患儿来说，不治疗在数月之后会逐渐增加甚至增大，伴有瘙痒的特点，像这种有逐渐增多倾向的患者，还是需要及早进行治疗，以防传染给他人或者因自身接种而使病情加重。
传染性软疣是可根治的。
传染性软疣的治疗方法有手术，激光，冷冻，电灼等、药物和其他途径可根治，提示患者应根据实际情况选择特定治疗方案。部分患者甚至可以自愈，通常在半年至九个月后可自行消退，还有坚持3~4年的。它是由自身抗体的生成来决定的，和自身抗体出现的迟早，抗体生成越早，皮损消退越早。
传染性软疣完全消失才算痊愈。
传染性软疣病毒会导致传染性软疣。这种疾病在儿童时期，主要是间接接触，而在成年人中则是因为性接触。性活跃、免疫功能低下的人更容易得这种疾病。如果在平时的护理和治疗中，传染性软疣全部消失，没有再出现，则说明疾病已经完全痊愈。
传染性软疣需要进行以下检查。
体检：主要看有没有丘疹、丘疹的形态、颜色、质地等，根据丘疹的面积、表面光滑程度、质地、活动度等来判定有没有传染性。
血常规：根据病人的外周血象、白细胞、血沉、C反应蛋白等情况来判定是否出现了严重的炎症反应。
疱疹刮片：皮肤上可出现几个小的叶子并向下伸展，压迫到皮肤的纤维，形成一个梨状的囊。从基底起，表皮细胞退化，越往上越严重。
传染性软疣一般建议及时去正规的医院进行治疗，通常是可以治好的。
传染性软疣需要到正规的公立医院进行手术，可以选择激光、冻结等方式去除疣，然后进行肌注干扰素等药物，并结合中医的调理和免疫等。日常生活中要注重自身的健康状况，因为抵抗力降低会引起病情反复。