治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
通常病毒疣可以根治。
就寻常疣而言，可以用冰冻、雷射、电离子来进行。出现大范围的皮肤炎症时，可以给予免疫调节剂，例如：干扰素、卡介菌多糖核酸注射液等，还可以服用转移因子胶囊。还有就是传染性软疣，通常只要进行有效的刮疣就可以了，一般可达到较好的治疗效果。
病毒疣是由人类乳头瘤病毒感染之后在皮肤黏膜部位发生了疣状的赘生物，发生在不同的部位，症状表现也会有差异。发生在手、足部位，头面部叫寻常疣，发生在脚上叫趾疣。寻常疣和趾疣症状是表面非常坚硬、粗糙的疣状的突起。发生在颈部的丝状疣，症状是手指状的小突起。扁平疣发生在头面、手背部位，呈暗褐色的扁平的丘疹。发生在外阴的尖锐湿疣，是菜花状或者是鸡冠状的疣状的突起，表面也是触碰之后容易出血。
病毒疣的治疗首先要看病毒疣长在什么部位、疣体的大小和多少来制定治疗方案。如果病毒疣主要长在面部、手背部疣体扁平，那就叫扁平疣，如果比较多，急性发作，可以用系统的治疗方法，用一些提高免疫力的药物，如果是长在掌跖部位，数量较少，个体较大，可以用物理的去除的方法如：冷冻治疗、激光、微波治疗。如果是长在生殖器部位的病毒疣，很容易复发，就要系统和物理治疗。
其实病毒疣是无法根治的。
病毒疣的种类很多，除了需要用镊子夹住传染性软疣之外，其他的病毒疣都可以通过冷冻、激光、微波、电离子治疗仪进行治疗，如果一次不够，还可以多次治疗。激光去除丝状疣和扁平疣的效果最好。
病毒疣可以通过口服和外用中药熏洗浸泡来治疗。皮肤表面疣具有传染性，主要是通过自身接种或者共用毛巾、浴巾等方式传播。尖锐湿疣主要是通过性传播的。
病毒疣可以治愈，但不能称为根治，因为病毒疣可能会出现复发或再感染的情况。
引起的病因有很多，主要分为直接传染和间接传染两种途径，可以通过性生活传播直接传染，也可以通过占有病菌的公共用品间接传染的，患者治疗需要采用抗病毒的药物结合物理仪器进行治疗，能够有效抑制体内病毒的繁殖。