肛门疣主要是切除疣体，再加上抗病毒治疗。尖锐湿疣多通过高频电切、电凝的方式将疣体切除，外涂抗生素软膏保护创面，预防感染；后续反复发作的话，需要多次切除。再在专业医师指导下，定期注射药物来抑制病毒复制。
小儿肛门疣怎么治疗，小孩在七八个月的时候发现肛门四周长了比米粒还小的疙瘩首次去医院看医生说是带尿不湿弄得开点膏药回来擦了没用去了大医院一查是肛门湿疣后期做了一次火激光没用又做了两次冷冻加光照还是没有用现在疣体越长越大了有什么方法或去医院有方法。
肛门疣可以局部治疗配合全身抗病毒治疗。局部采用激光，冷冻，药物烧灼等祛除疣体，全身服用抗病毒药物治疗的。做完治疗后，用中药进行清洗，中药水煎外洗，每日数次，即可治好。这样治疗的目的就是避免湿疣造成复发。
可以在医生的指导下采用中医治疗。肛门疣，是一种疣可发生在直肠。肛门疣现在很常见恼人的情况，影响周围地区的肛门。有时他们还可以影响皮肤和生殖器方面身体。起初他们看来，作为一个小小的瑕疵后，他们可以成长非常大，甚至大于尺寸的豌豆。
中医中的中药对治疗肛门湿疣会有很好的作用，所以说患有肛门湿疣的可以采用中医中药进行治疗，进而就会有强力阻断湿疣病毒复制的效果，之后就可以很大程度控制病情发展，而且恢复的几率也比较高一些，一定要在专业中医指导下正确用药用量坚持治疗。