肛门疣可以局部治疗配合全身抗病毒治疗。局部采用激光，冷冻，药物烧灼等祛除疣体，全身服用抗病毒药物治疗的。做完治疗后，用中药进行清洗，中药水煎外洗，每日数次，即可治好。这样治疗的目的就是避免湿疣造成复发。
肛门长疣是临床上比较常见的一种病毒感染性皮肤病，主要是者感染人类乳头瘤病毒(即HPV病毒)，主要是由于不洁性生活史造成的，比如有多个性伴侣，伴侣中存在性病毒感染或携带性病毒者等。
本病的病原体是人类乳头瘤病毒（HPV）。属DNA病毒。人体皮肤及粘膜的复层鳞状上皮上HPV的唯—宿主，尚未在体外培养成功。病毒颗粒直径为50～55nm。这是非常小的，一般光学显微镜是不能看到的，只有借助电子显微镜才能看到。临床上一般以外治方法治疗肛门疣。外敷法。熏洗法。注射疗法。手术、激光疗法。
治疗肛门疣去医院做个激光手术治疗会比较好的，手术以后的话一定要多注意休息，平时一定要多注意卫生，大便完要及时清洗一下会比较好。尽量不要吃辛辣食物，刺激性食物，海鲜之类的，多喝点温开水，多吃点新鲜青菜水果，多注意休息。
中医中的中药对治疗肛门湿疣会有很好的作用，所以说患有肛门湿疣的可以采用中医中药进行治疗，进而就会有强力阻断湿疣病毒复制的效果，之后就可以很大程度控制病情发展，而且恢复的几率也比较高一些，一定要在专业中医指导下正确用药用量坚持治疗。
肛门疣可以使用激光，电灼等方法治疗。平时少食辛辣及刺激性的食品，多进食能使大便软化的食物如蔬菜，香蕉，等以减少大便对伤口的刺激。保持肛门清洁卫生，养成睡前便后清洗肛门的习惯。清洗肛门既可以保持肛门清洁干燥，同时也能够有效的存进肛门血液循环，有效的防止了疾病恶化的情况出现。