生殖器疱疹的并发症，主要会引起播散性疱疹，疱疹性脑膜炎，前列腺炎，直肠炎，等一系列疾病的并发症。还会导致一些腰部神经炎，脊柱炎。生殖器疱疹的危害最大的，是可能会引起，尿路系统的疾病，会导致男性不孕症。所以平时要加强锻炼，不要有不洁的性行为，提高自身免疫能力，来抵抗病毒感染。
在疱疹早期发病的时候，处会有一些成群的小丘疹，还会时不时地伴有瘙痒或者是灼热的感觉。情况严重的话就会出现溃烂，尽管这些症状在2-3周内会逐渐消退，可是还有复发的可能。
生殖器疱疹可能引发的并发症有播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等。出现这类症状时，建议及时就医。要注意的就是避免食用一些辛辣刺激性的食物，大葱、洋葱、韭菜、香菜以及一些容易造成刺激的食物都不要吃。
生殖器疱疹的并发症是外阴患处会有灼热感，会发现逐渐增多成群的丘疹，进而形成小的水疱，数日后水疱会变为脓疱，并且逐渐破溃形成糜烂或者溃疡，自觉疼痛，最终结痂自愈，病程大概2周-3周。皮损多出现在男性的包皮、龟头、冠状沟等处，偶见尿道口。
殖器疱疹会引起很多并发症，比如，可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。另外，生殖器疱疹常与其他性传播疾病如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、阴道念珠菌病、滴虫等混合感染，故在诊治中应该加以重视。
生殖器疱疹比较常见的表现为阴部出现一堆约3-4个至5-6个小水疱，基底有些潮红。几天后水疱破溃成为小的麻烂面或浅的溃疡，自觉疼痛不适，不经过治疗可很快愈合，不留疤痕。若疱疹发生在尿道口，那么水疱糜烂感到小便时疼，小便次数增多，尿道口有分泌物。