这是受遗传因素的影响，真性阴茎短小大多都是先天性的，少数一部分为后天性的。在医学上，先天性的睾丸发育不全症又称为克氏综合症。男性朋友的身材高大而阴茎却短小。激素水平不足也会导致阴茎短小。
疾病因素：近些年来，由于饮食或不良习惯等原因，使得男性隐私部位患病的几率在不断增加，如隐睾、睾丸炎等，一来会使局部组织出现水肿的情况，二来可能会影响到血管的正常血供，三来会导致阴茎短小，严重的甚至会使生精组织出现坏死的情况，对之后的生育造成一定的影响。
主要考虑是发育异常，或者是龟头过于敏感导致的，可以通过饮食来进行调节，以后建议可以多吃点羊肉，牛肉，狗肉，以及这些动物的睾丸，韭菜，枸杞来进行调理，也可以加强对阴茎方面的锻炼，比如可以反复的刺激，揉搓，按摩阴茎，对于阴茎的增长有一定帮助。平时建议要加强锻炼身体，多做有氧运动，比如爬山跑步打球之类的运动，增强机体耐力，也有助于改善早泄的症状。
阴茎短小做手术可以，阴茎大小和遗传因素有关系，勃起后阴茎不小于8厘米，平时可以多吃点对身体好的食物，比如牛肉还有羊肉，平时要注意休息，不要辛辣的食物，不要熬夜等。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
男人阴茎短会导致男性不育，下丘脑分泌的黄体生成素释放激素减少。阴茎短小者影响正常夫妻生活、丧失正常生育能力。茎过于短小，这样就会在心理上造成自卑和压抑感。