男性生殖器短小的根本原因，与幼年时阴茎的生长发育有关系。阴茎的分化、发育全靠体内的睾酮水平。如果母体妊娠第6-9个月期间，睾酮分泌不足，胎儿阴茎发育低于正常速度，出生时阴茎便会较小。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
平常的状态下不能超过四个厘米，或者勃起以后不能超过九个，里面就是一件短小的，需要到医院进行检查明确下诊断，如果确实是有一件短小的情况，还是需要积极的寻找原因。需要进行治疗。
阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
快速缓解阴茎短小可以假体植入，假体植入本来是欧美国家治疗器质性阳痿的一种手术方法。植入假体后，阴茎也可以增长、增粗。还可以单纯脂肪注射阴茎成形术，这种手术方法是抽取自身的脂肪，注射入阴茎内。
