阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
通常情况下，阴茎短小属于正常现象，患者没必要进行治疗。具体情况分析如下：
阴茎短小一般与人体的发育以及遗传有关，由于阴茎短小，一般不会对性生活造成影响，也不会影响生育，因此阴茎短小属于正常现象，患者没必要进行治疗。
日常生活中，患者应注意个人卫生，保持私处的清洁、干燥，早睡早起，多食用清淡的高蛋白食物，还可以适当的进行运动，比如做操、散步、打太极等，提高免疫力的同时，还能保证性生活正常进行。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
阴茎短小，先去医院抽血化验性腺系列。如果正常，最常见病因就是手淫和包皮过长，尽快彻底戒掉手淫，手淫导致发育期发育不良或者停止，阴茎海绵体挫伤，阴茎越来越短小，增加营养，多吃高蛋白食物，牛羊肉，海参，另外包皮过长、肥胖也是阴茎短小病因，如果有包皮过长割掉包皮，肥胖必须减肥，对发育期阴茎发育有好处。
成年以后已经很难再进行发育，一般只要勃起后超过九厘米，就算是正常的情况，另外性生活的过程中不短于两分钟也算正常。口服药物，如果药物治疗没有作用也可以选择手术治疗，但手术治疗的风险比较大。多食一些具有补肾固精作用的食物，如牡蛎，胡桃肉，栗子，甲鱼，文蛤，鸽蛋，猪腰等。