乙肝晚期大多为已经出现了肝硬化和腹水的现象，已严重影响到了肝功能和病毒载量复制严重，是没有治好可能的。只能使用核苷类药物干扰病毒的复制，延迟疾病的进展。如果到了肝衰竭地步可以行人工肝治疗，不行只能做肝移植了。
乙型肝炎的治疗，首先应当看是急性感染还是慢性感染。对于急性乙型肝炎，一般在急性病程之后，乙肝病毒都能够被清除，也就是身体的免疫系统能够自己将乙肝驱逐出去，但是往往比较剧烈，很有可能伴随着明显的肝脏炎症，甚至伴随着黄疸，所以治疗主要就是控制肝脏炎症，不让炎症过于剧烈，甚至导致肝衰竭，因为肝衰竭，可能会出现生命危险。
需要病人对症治疗，乙肝病人的治疗方案应该根据病人的病情来决定。如果乙肝病人的肝功能正常，HBVDNA检查结果呈阳性，此时应该积极进行抗病毒治疗，使HBVDNA转阴，而如果乙肝病人的肝功能异常，HBVDNA检查结果呈阳性，此时，乙肝病人应该先进行保肝护肝治疗，然后再进行抗病毒治疗。
乙肝是不能完全治好的，但是通过药物的治疗和平常注意饮食习惯是可以慢慢调养的。宝宝得了乙肝要到正规医院接受治疗，并且要制定合适的治疗方法，生活中也需要格外注意，应该注意乙肝宝宝的护理。
乙肝的治疗方案是进行抗病毒治疗，抗病毒治疗是针对病因的治疗，如果病人乙肝病毒复制指标包括乙肝病毒的核酸HBVDNA超过10的4次方以上，肝功生化指标血清转氨酶达到正常值的两倍以上，提示是乙肝的活动期，那么治疗方案就是抗病毒治疗。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗情况，需要化验肝功，病毒DNA定量检查看一下，如果病毒数量多，肝功异常，需要使用抗乙肝病毒药物和保肝药物治疗，如果肝功正常，病毒数量不多，可以先不用药，定期复查就可以。