目前治疗乙肝主要是抗病毒治疗，可使用干扰素和核苷类似物。
两种药物各有优缺点。使用干扰素，既有抗病毒作用，也有免疫调节作用，且有一部分优选患者经过干扰素抗病毒治疗，疾病被治愈的几率较大，但这种比例较低，使用干扰素费用较贵，不良反应的发生率较高，会导致部分患者不耐受。使用核苷类似物，大部分患者都耐受，不良反应发生率也较低，但患者需要长期用药，部分患者需要终身用药。
因此，患者需根据自身情况，在专业医生的建议进行药物治疗。
进行肝功能检查，如果肝功能出现异常，肝细胞有破损，可以保肝治疗。如果肝功能正常，可以进行乙肝病毒DNA检测数量得多少，如果体内病毒数量较多，要服用核苷类药物抗病毒治疗。
对于乙肝的治疗，现在多数是以口服抗病毒的药物为主，对于乙肝的传播主要是通过血液、母婴垂直传播、性接触等途径，并不是所有的乙肝都需要抗病毒治疗，对于乙肝病毒携带者，可以采取定期观察（肝功、病毒含量、超声、甲胎蛋白等）。
有身体的不适，建议到正规医院的传染科就诊，检查肝功能，腹部B超，乙肝病毒DNA等明确病情。目前没有特效的药物和治疗方法，最有效的抗病毒治疗转阴率50%左右。如果肝功能异常则应考虑抗病毒治疗。
对乙肝病毒有直接作用的，主要是抗病毒药物，在没有任何肝脏炎症和肝脏形态变化的乙肝病毒携带状态，并不建议口服抗病毒药物。其他的方法，大多都不直接针对乙肝病毒，而是针对肝脏的炎症，也就是保肝降酶以及抗肝纤维化。