因此，对于乙肝大三阳的治疗，要根据病人的情况，根据病人的情况来进行，如果肝脏的功能和肝脏的形态结构都是正常的，此时已经达到了免疫耐受期，可以暂时不需要进行治疗。当肝脏功能出现异常或病毒呈阳性时，可以进行抗病毒治疗，在抗病毒治疗时，应首选干扰素抗病毒治疗，干扰素抗病毒治疗是有治疗目的，可以停止使用，同时表面抗原转阴的几率也很高。
乙肝大三阳的治疗主要是休息。避免使用对肝脏有负担的药物食物，然后可以使用抗病毒和保肝护肝的药物治疗。尽早治疗，以免耽误病情。积极配合治疗，平时多注意休息。忌吃对肝脏不好的东西，并且不要熬夜，因为熬夜会影响肝脏的排毒功能。
治疗方法是使用干扰药素治疗方案来进行抗病毒治疗，干扰药素抗病毒治疗，不仅有抗病毒的作用，还可以调节自身的免疫力，提高身体监控肿瘤的能力，抗肝纤维化的能力，并且干扰药素治疗的疗程是有限的，大概平均疗程在一年左右，不需要长期用药，即使干扰药素治疗停止以后仍然有一些后续的免疫调控作用，可以持久的抑制病毒。
乙肝的治疗，还是从恢复肝功能，抗肝损伤，调整自身免疫系统入手，不然长期的西药抗病毒治疗，即使病毒得到控制也是表面的控制，肝损伤一点都没有减轻。刚开始三个月为一个疗程，复查肝功和病毒数，肝功正常后，半年复查一次肝功、病毒指标及两对半即可。如果能转阴，转阴后，巩固半年后，可以停药，如果不能转阴。
转氨酶升高是乙肝大三阳抗病毒治疗的最佳时期，转氨酶升高提示肝细胞出现炎症性损伤，但也表明机体免疫系统，已从消极防御转为积极主动，恰好是抗病毒治疗的好时机，通过免疫调节产生大量内源性细胞因子，再配合抗病毒药物能起到事半功倍的效果，这种多途径、多位点、清除加抑制达到临床上的高疗效与低复发。