乙肝小三阳抗病毒治疗主要目的是抑制病毒复制，减少传染性，改善肝功能，提高生活质量，减少或延缓肝硬化、肝衰竭、肝癌的发生，符合适应证者应尽量抗病毒治疗。其停药指征包括：肝功正常；病毒定量阴性；HBeAg出现血清学转换，出现HBeAb，这称为完全应答，抗病毒治疗病例中不超过30％。临床治疗时间目前倾向于长期用药，出现耐药后及时更换抗病毒药物。
所谓乙肝大三阳、小三阳都是指乙肝标志物检测结果，大三阳是乙肝表面抗原阳性，乙肝E抗原阳性，乙肝核心抗体阳性。乙肝小三阳是乙肝表面抗原阳性，乙肝E抗体阳性，乙肝核心抗体阳性。共同的特点就是都代表已经感染了乙肝病毒。只不过，通常来讲未经抗病毒治疗的大三阳病人的乙肝病毒载量是很高的，传染性强。小三阳病人来说乙肝病毒载量低，活动性低，传染性小。
大三阳是医生在病人的血液中检测出表面抗原（HBsAg）、e抗原（HBeAg）、核心抗体（抗-HBc），说明乙肝病毒在人体内存在并复制活跃、传染性强，而且病人的血液、尿液、唾液、乳液、宫颈分泌物都可能具有传染性。小三阳是在血液中检测出表面抗原（HBsAg）、e抗体（抗-HBs）、核心抗体（抗-HBc）阳性时，表明乙肝病毒复制弱、传染性也较弱。通常在检验报告上分别以红色“+”号显示。
可以做肝功能和肝B超检查，如果都正常，则不用治疗，定期每半年做肝功能和肝B超检查就可以了，如果肝功能不正常，特别是转氨酶高，就需要治疗。小三阳只要定期检查，肝功能正常，病毒无复制就没问题。
乙肝小三阳是否需要治疗，患者需根据具体的情况来判断。
对于乙肝小三阳，只要肝脏和dna都没有问题，患者通常为健康携带者，只要按时随访，不用吃药，如果是HBV、DNA、肝脏等指标都比较高，就要进行相应的检查。肝功能转氨酶超过2倍，同时乙肝DNA超过10，则要进行抗菌和护肝治疗，同时还要定期进行肝功能检查和DNA检测。
小三阳在肝功能正常的情况下，一般不需要治疗。但是在乙肝病毒DNA高于2000，谷丙转氨酶超过正常值上限，或者转氨酶虽然正常，但有肝硬化的情况下。对于年龄超过30岁，病毒量很高，虽然没有肝硬化，但家族中有肝硬化和肝癌的，也可以考虑治疗。