肺炎衣原体感染后，一般会出现高热、白细胞增多、C反应蛋白升高等症状，但主要表现为咳嗽、咳痰或有少量粘痰。如果是胸闷、气急的患者，可以服用大环内酯药物，病情比较重，特别是肺脏比较大的患者，可以通过静脉注射大环内酯类药物，红霉素、阿奇霉素有是静脉制剂。另外，成人还可以服用左氧氟沙星、莫西沙星等喹诺酮类的药物，如果病情严重的，可以通过静脉给药。在进行抗菌药物的同时，还要配合使用解痉平喘、止咳化痰等药物，多喝水，多休息，不要吃辛辣的食品和其他的化学成分。
沙眼衣原体抗原检测阳性，需要口服抗生素治疗，应该保证足疗程，抗生素药物在治疗生殖器衣原体感染的治疗率可以达到90%以上。衣原体还没有出现在抗生素耐药性，所以病人在治疗时不必担心耐药的问题，多参加体育锻炼，提高自身免疫力，注意在患病期间不要同房以免交叉感染。
肺炎衣原体感染引起的肺感染，与支原体卡他莫拉菌、嗜血杆菌、军团菌感染的处理方式一致。
红霉素、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等是临床上常用的大环内酯类药物，根据肺炎衣原体感染的轻重，可以通过口服和静脉给药。
肺炎衣原体感染一般不会出现严重的全身炎症反应，主要表现为高热、白细胞增多、C反应蛋白升高。
衣原体用喹诺酮类、大环内酯类、四环素类等消炎药。
衣原体没有细胞壁的结构，因此不能应用头孢菌素和青霉素。当出现支原体和衣原体感染时，通常会用到喹诺酮类抗生素。其次可以在医生的指导下口服大环内酯类的抗生素，也可以口服四环素类的抗生素。在感染支原体和衣原体后，要及早进行治疗。另外，中医的调理效果更好。
衣原体用大环内酯类抗生素效果比较好。
大环内酯类抗生素对衣原体比较敏感，患者感染衣原体后，可以遵医嘱使用阿奇霉素、罗红霉素等药物进行治疗。除上述药物外，患者还可遵医嘱使用四环素进行治疗，也可以选择喹诺酮类药物，例如莫西沙星、盐酸左氧氟沙星等。
