乙肝患者打干扰素的副作用最常见的是发热及流感样综合征，患者体重减轻、脱发、情绪激动，骨髓抑制致血细胞、血小板减少，轻度贫血，偶可发生神经系统损伤，影响内分泌系统功能，亦有产生干扰素抗体者。
乙肝打干扰素转阴概率是百分之五十，一般是长效干扰素。即在治疗过程中，一般是6个月，表面抗原低于1500IU/ml，这部分病人最终实现临床治愈的比例要明显升高，也就是乙肝能阴转。
干扰素在治疗乙肝方面的作用，主要是通过和靶细胞表面的干扰素受体结合，阻止病毒蛋白质合成，从而抑制乙肝病毒复制，发挥抗病毒的作用。干扰素还具有多重免疫调理作用。因此，干扰素在治疗乙肝方面起着非常重要的作用。
乙肝的病毒携带者，如满足了干扰素的抗病毒治疗，应主动应用干扰素进行抗病毒治疗，但也有其不足之处，例如肝硬化失代偿期肝功能不好的患者，以及引起自身免疫有关的病症，例如甲状腺炎，自身免疫性的肝炎等。
干扰素的抗菌疗法有很大的优势，最大的优势就是可以停止使用。对于一些乙肝表面抗原呈阴性，但表面抗原含量偏低的患者，可以通过转阴来完成乙肝表面抗原的转阴，从而使乙肝病毒转阴，这个几率在30%以上，并且在转移后可以停止服用，周期比服用的护肝类的药物要快一些，大约需要一年的时间。
抗乙肝病毒治疗主要是核甘类抗病毒药和聚乙二醇干扰素为主。聚乙二醇干扰素治疗乙型肝炎具有双向免疫调节作用的优势，既可以降低乙型肝炎病毒载量，又可以增加血清转换率。但是，聚乙二醇干扰素的副作用比较多，常见的副作用是，初期会有流感样症候群的表现，可以导致白细胞和血小板降低。另外，常见的副作用还有对于患者情绪的改变，以及有高血压，糖尿病等，应该慎用。
乙肝干扰素通常需要打一年左右，但具体注射时间需要根据具体病情来判断。
乙肝打干扰素的疗程通常要看具体的情况。在注射干扰素的过程中，如果病毒的浓度降低的比较好，表面抗原的含量降低的比较好，一般打一年左右即可。如果一年之后，表面抗原的含量还在不断的降低，那么可以通过延长疗程来促使乙肝表面抗原的转阴，可以延长至72周-96周。但如果使用干扰素不起作用，可以在3个月后停止使用，可以服用核苷类的药物。