现在的治疗方法中最主要的还是要针对病因进行抗病毒治疗。现在国际指南推荐的两大类，一类是干扰素，需要打针，又分为长效干扰素和短效干扰素。长效每周打一次，短效隔天注射一次。还有一大类是口服的核苷类似物。
最新乙肝停药标准是：大三阳患者抗病毒治疗一年后，如果出现HBV-DNA阴性、转氨酶恢复正常、出现血清转换（e抗原转阴，e抗体转阳），应继续巩固治疗至少一年。小三阳患者在抗病毒治疗一年后，如果DNA阴性、肝功能正常，应继续巩固治疗一年半。
对乙肝病毒有直接作用的，主要是抗病毒药物，在没有任何肝脏炎症和肝脏形态变化的乙肝病毒携带状态，并不建议口服抗病毒药物。其他的方法，大多都不直接针对乙肝病毒，而是针对肝脏的炎症，也就是保肝降酶以及抗肝纤维化。
有身体的不适，建议到正规医院的传染科就诊，检查肝功能，腹部B超，乙肝病毒DNA等明确病情。目前没有特效的药物和治疗方法，最有效的抗病毒治疗转阴率50%左右。如果肝功能异常则应考虑抗病毒治疗。
乙型病毒性肝炎抗病毒治疗的条件，需要根据各项检查结果综合分析，乙肝病毒就会显著增高，伴有或肝功能明显受损，或者是有早期肝脏纤维化的表现，如肝纤四项异常，肝脏彩超异常，那么就需要开始进行规律的抗病毒治疗。