牙齿矫正的过程中有各种副作用，对口腔卫生不好，牙齿上面粘的托槽周围容易引起牙菌斑滞留，时间久了容易引起牙龈炎。需要好好刷牙，控制牙菌斑。金属托槽也容易会导致口腔粘膜的创伤性溃疡，应该注意必要时使用正畸蜡保护。牙齿矫正的过程中，为了使牙齿移动，在牙齿上面施加外力，如果力量过大会引起牙根的内外吸收。
牙齿矫正会出现酸痛、肿胀、出血或者是不适的现象，这种现象是因为牙髓受到了伤害而导致的，可能会导致牙齿出现损伤，明显的松动现象，感染、牙周炎、牙龈萎缩、牙根暴露等现象。卫生习惯不好，饭后不刷牙，牙齿上残留了食物残渣发酵后产生的酸，会对牙齿产生副作用，使牙齿变黄或者是有坑洼现象。
如果牙齿出现排列不齐，一般做牙齿的矫正对身体来说是没有什么危害的。通过牙齿矫正可以矫正牙齿的咬合关系，而且是面容变得更加美丽，对身体来说也没有什么副作用。做牙齿矫正也是越早越好，一般在十二三周岁的时候就可以做牙齿矫正，可能需要一年两年的时间。
在牙齿矫正中，认真听从医师的嘱托，在出现任何不正常的情况下及时联系医师，选择适合自己的牙齿矫正方案，不要因为麻烦或者金钱原因导致自己牙齿矫正方案的欠缺，做好口腔卫生的清洁工作。
牙齿矫正没有什么危害，只是有部分并发症，初期或导致不适。牙根会变短，因为正畸时在牙齿移动的过程中，有些破骨细胞要把牙槽骨杀伤，可能在杀伤牙槽骨时，并不知道杀伤的是牙槽骨或者是牙根。如果矫治力量大或者患者是易感体质，可能有些患者在矫正后牙根会变短，牙齿可能就不是特别牢固；在矫正过程中，很多患者，本身的卫生习惯不太好，刷牙时间太短、不认真，在牙齿上残留很多的食物残渣。当食物残渣发酵后，产酸，对牙齿产生龋坏作用，特别在牙齿表面，很多时候矫正结束以后发现牙体表面已经变黄，有的还变坑。患有牙周炎、根尖炎的患者需先进行治疗，再进行矫正。同时如禁止吸烟、过量饮酒等。女性应尽量避开月经期、哺乳期、妊娠期。治疗期间应清淡饮食，避免进食辛辣刺激、糖类、油腻及海鲜等腥发性食物。要保持积极的心态，正确地对待治疗。并且做好口腔清洁，注意口腔卫生，做牙齿矫正前最好进行一次洗牙。