反复口腔溃疡，通常2周自愈，局部可用止痛类药物，进行消炎、止痛，促进溃疡愈合。其次是自身免疫性疾病引起的口腔溃疡，可以采取免疫抑制剂，同时口服维生素，从而维持正常代谢功能，促进疾病愈合。
出现口腔溃疡需要补充维生素。口腔溃疡可能是精神因素导致的口腔溃疡、病毒感染造成的口腔溃疡需要是抗病毒治疗，创伤造成的口腔溃疡，烫伤造成的口腔溃疡，有针对性的进行补充。
口腔溃疡的治疗主要是促进愈合，减少复发。促进愈合的治疗，主要有两个方面，一是预防感染，可以含漱抗感染的漱口水。二是促进黏膜修复，局部应用生长因子喷雾剂贝复剂，副作用较小效果好。特别是深大溃疡，长期不愈合的效果肯定；促进黏膜修复也可以局部应用激素，激素副作用较大，不能长期使用。减少复发，主要是西药调理免疫功能，中医中药辩证调理。局部减少创伤，防止形成溃疡。
临床上只有创伤性溃疡可以快速被治疗，治疗前明确创伤因素进行对症治疗，才能使溃疡快速愈合。除创伤性溃疡以外，其他溃疡均属于慢性疾病，治疗时间相对较长，口腔溃疡也不例外。复发性口腔溃疡具有自限性和复发性的特点，即发病后7-10天可自愈，间隔一段时间后可再次复发。
采用局部治疗，同时结合全身的治疗，延长间歇期，缩短发作期，缓解疼痛。局部治疗以消炎止痛为主，促进愈合防止继发感染。局部可以使用消炎类药物进行治疗。对于经久不愈或者严重疼痛的溃疡，也可以进行粘膜下封闭注射。