口腔溃疡最常见的原因是消化系统疾病，消化吸收功能差也可以引起口腔溃疡，其他比如免疫系统的，免疫功能出现异常，比如疲劳、熬夜或者情绪的波动都可以引起。还有的感染性的因素，比如细菌性的感染或者病毒性的感染也会引起口腔溃疡。
反复的口腔溃疡也可能表明身体有患胃肠道疾病的风险。从医学角度来看，胃肠道疾病的许多表现包括反复发作的口腔溃疡，因为胃肠道不适会影响许多食物的消化和吸收，从而影响许多元素的补充。
可能是创伤、精神紧张、食物刺激、药物刺激、营养不良、激素水平改变及维生素或微量元素缺乏导致口腔溃疡的原因。还有一些系统性的病：遗传、免疫及微生物在口腔溃疡的发生都有影响。都可降低免疫功能，增加口腔溃疡发病的可能性。
导致口腔溃疡的原因包括，损伤性原因：包括物理性损伤、化学性损伤等，如食物刺激、化疗、咬伤等，感染性原因：包括细菌感染、病毒感染等；消化系统疾病；疫功能减低：如疲劳、熬夜、情绪波动等。
排除是缺乏微量元素和上火引起的相关症状，平时忌食辛辣刺激性食物，多吃富含维生素的水果和蔬菜，必要时可以适当口服去火药物进行治疗。然后日后一定要注意饮食的调整，吃一些清淡下火的食物，以及多吃一些蔬菜水果，补充维生素。
是复发性口腔溃疡。免疫因素，细胞免疫异常，自身免疫异常，体液免疫异常，也有可能是免疫功能低下或者是免疫缺陷。胃肠道疾病、遗传因素、微量元素铜、锌缺乏和维生素缺乏，微循环障碍，精神有创伤。