牙菌斑的危害是龋病和牙周病，牙菌斑时间一长会形成牙结石，所以要进行洗牙，可每半年到一年一次。平时配合刷牙，用牙线清洁牙与牙之间缝隙。牙菌斑会引发龋病，龋病俗称“虫牙”，这里的“虫”指菌斑中的细菌。牙菌斑牢固地附着在牙面上，细菌摄入唾液中的糖，分解糖产酸，这些酸会破坏牙齿，最终成洞。
出现了很多牙菌斑，治疗的方法用洗牙的方法最彻底，其他的方法都不可能彻底解决牙菌斑。清理牙菌斑之后，还必须督促孩子勤刷牙，一天至少要刷两次牙，另外，晚上睡前不要吃东西。刷牙要严格依靠程序来刷，不能草草了事。这方面，家长的责任是最大的。
牙菌斑通过刷牙和使用牙线就可以清除干净的，每天饭后可冲洗口腔，冲走牙缝和表面的食物残渣和牙垢。漱口液因为有药物成分在内，也能高效的杀菌，同样有着洁齿的功效。
牙菌斑吃一些富含维生素的水果。用牙线剔除牙菌斑，平时要经常漱口，防止牙菌斑滋生，多吃新鲜的蔬菜水果，去医院口腔科进行洗牙治疗，平时注意早晚刷，配合使用消炎类药进行处理。
牙菌斑严重的可以选择超声波洁牙机洁治，或者手动去除牙菌斑，是口腔内的细菌斑块，不能被刷牙或者漱口去除，牙菌斑粘附于牙面或牙间的软的还没有被口腔唾液钙化的细菌群体，菌斑控制可以通过刷牙去除，刷牙是控制菌斑最有效的方法。