一般来说，脑干损伤可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
针对出血引起的脑干损伤，建议通过手术的方式进行治疗；也可以用甘露醇进行脱水治疗，缓解症状；针对外伤或炎症引起的脑干损伤，可以在医生的指导下应用单唾液酸四己糖，神经节苷脂等药物，配合抗生素，糖皮质激素进行治疗。在日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
脑干损伤后遗症的表现，主要是看患者损伤哪个部位的脑干，如果是损伤延髓部位的脑干，患者就有可能会留下吞咽困难，饮水呛咳，一侧肢感觉减退，甚至眩晕、恶心、呕吐等后遗症。如果是损伤脑桥部位的脑干，可能会留下口角歪斜、视物模糊、眼球活动受限等后遗症。
脑干损伤后遗症的表现，主要是看患者损伤哪个部位的脑干，如果是损伤延髓部位的脑干，患者就有可能会留下吞咽困难，饮水呛咳，一侧肢感觉减退，甚至眩晕、恶心、呕吐等后遗症。如果是损伤脑桥部位的脑干，可能会留下口角歪斜、视物模糊、眼球活动受限等后遗症。如果是损伤脑干的中脑部位，患者可能会留下肢体偏瘫，甚至肢体震颤及肢体不协调等症状。
由于脑干是人体的重要功能器官，因此脑干损伤可能会引起严重的后遗症，因此恢复脑干损伤需要很长的时间来恢复其功能，可以通过药物进行改善，另外，还可以应用身体康复，包括中医针灸和专业康复科的肢体锻炼。
一般来说，脑干损伤的临床表现如下：
一、意识障碍，一般是在伤后立刻出现持续的轻度的深度昏迷。
二、眼球和眼珠发生变化。在中脑受伤的早期，左右眼眶大小不一。两侧的瞳仁变大，失去了对光线的反应。当两边受创时，两边的瞳孔会变大，而眼球会被固定住，则会导致两边的瞳孔急剧收缩。
三、脱脑强直是中脑损伤的一种症状，主要有两上臂过度伸长和内转。下肢过度伸展，身体呈角度弓反张。
四、锥体束症，主要表现为四肢麻痹、肌肉紧张、肌腱反射、神经反射、神经反射等。此外还有呼吸、心血管功能等方面的生命迹象。