一般情况下，指甲盖凹凸不平有小坑可能是真菌感染、营养不良等原因导致的。
1.真菌感染：创伤后可能会导致指甲被真菌感染，造成甲癣，此时可能会出现指甲异常生长的情况，导致指甲盖凹凸不平有小坑。
2.营养不良：如果缺乏营养，可能会导致甲营养不良，造成指甲生长比较慢，导致指甲盖凹凸不平有小坑，平时要适当补充营养，多休息。
孩子指甲凹凸不平，常见的原因主要包括长期的缺乏营养，贫血或者是体内缺乏辛硫蛋白质等微量元素，可以做微量元素检测，可以明确。指甲凹凸不平，还有可能是灰指甲，因为真菌感染可以破坏甲床。
如果我们指甲凹凸不平有小坑那可能是因为身体素质比较差，或者是缺乏维生素引起的，平时要调整好生活和饮食，作息规律，不要熬夜，饮食搭配合理，多吃新鲜蔬菜水果，吃清淡温和的食物，不要偏食，不要吃辛辣刺激性的食物，保持心情舒畅，适当参加户外活动，增强体质。
指甲有坑是指甲凹凸不平，是由于身体缺乏微量元素引起的，常见的原因是缺钙，缺铁，属于营养不良原因所致。可以做一个微量元素相关的检测，确定原因后，如果存在缺钙症状，要积极的进行补钙治疗。
建议检查微量元素是否是缺乏和是否是寄生虫感染，尤其是缺铁和缺锌的可能，当然寄生虫感染也可能导致缺铁和缺锌的可能的，针对性治疗才行的啊.如果是寄生虫感染首先应该是驱虫治疗。
指甲凹凸不平情况，很有可能是指甲患上了病。最有可能的就是指甲营养不良或者是灰指甲，甲营养不良表现为甲板变薄，或是出现甲纵纹、甲横纹、凹凸不平小点，严重时出现甲分离，或者表现为甲肥厚、易碎裂、无光泽等。