一般来说，三个月大的宝宝睡觉摇头有以下几方面原因：
1、皮肤瘙痒：如果伴发有湿疹、痱子等，从而引起三个月大的宝宝睡觉摇头的症状，建议家长及时带孩子去医院治疗。
2、缺乏钙：缺钙可能会影响到正常的肌肉或神经功能，从而出现该症状，此时建议家长在医生的指导下选择碳酸钙颗粒、小儿碳酸钙D3颗粒等药物给孩子吃。
如果宝宝精神胃口好、睡眠好，可以不用特殊处理，因为上呼吸道感染大部分是病毒感染引起的，有一定的自限性。如果鼻涕比较粘稠，伴有鼻塞，可以用吸鼻器吸鼻，或者用生理盐水冲洗鼻腔。
宝宝晚上不睡觉，可能是没吃饱。宝宝没吃饱就睡觉，是头几个月的婴儿不睡觉的常见原因。如果发现宝宝在床上翻来覆去，一直出现吸吮的动作，可能是因为没吃饱睡不着的。也可能是消化不良或腹胀的原因。
考虑有没有鼻炎的问题，如果是由鼻炎引起的经常的流鼻涕，可以用治疗鼻炎的药物。如果流鼻涕时间比较长，到医院给宝宝做一个鼻镜检查一下，确诊病因后，选择用中药或者是西药辅助治疗。
三个月的宝宝喷射性吐奶是不正常的，主要是由于喂养姿势是不正确造成的，母亲在哺喂时尽量让宝宝的头部稍高一些，在哺喂后把宝宝贴胸竖起来抱一会，轻轻由下往上空手心拍拍宝宝的后背，使宝宝胃中的空气跑出来，就可以避免吐奶。
正常的是一天一次大便，稀软便，宝宝消化不良容易造成好几天不大便。要养成宝宝定时排便的习惯，多喝水，哺乳期间妈妈不能吃辛辣的食物，也不能上火。也可以尝试一下小儿推拿。