对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
婴儿肛周脓肿早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水或药物坐浴，促进切口愈合，达到治疗目的。
肛周脓肿最主要的治疗方式是手术治疗。
肛周脓肿是很复杂的疾病，是肛线感染导致的，症状主要是红、肿、热、痛，会导致局部发热或全身发热，严重时会影响小便、大便。婴儿肛周脓肿和成人一样，手术治疗有效，缺点是肛周脓肿术后容易复发。复发后有脓包，此时没有其他的治疗方式，还是手术治疗为主。有肛周脓肿脓包不要单纯切开引流，建议直接手术。
同时也可以在医生指导下服用一些抗生素药物，积极进行抗炎治疗。如果局部化脓只需要进开切开排脓，避免炎症扩散，形成肛瘘。对于肛周脓肿一般需要手术治疗才能彻底，而且平时也要做好孩子的护理工作。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
大多数情况早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水坐浴，促进切口愈合，达到治好的目的。