可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
扁桃体结石的形成，每个人的情况不一样，时间也是有所差别的。这是因为个人不注意口腔卫生，饭后没有及时漱口，导致食物残渣和一些垃圾长期残留在扁桃体隐窝下而形成的，可能是几个月，或者是几年。扁桃体结石一旦形成是很难彻底清理干净的，而且有可能导致慢性扁桃体炎的发生，这时就要结合一些药物进行治疗，或者是考虑手术切除扁桃体。
扁桃体结石需使用手术处理治疗。需要到医院完善检查，明确病因病情，给予针对性治疗处理。生活中注意个人卫生清洁，合理饮食清淡，避免辛辣刺激食物，补充维生素微量元素等，在医师指导下选择好的手术治疗方案。
扁桃体结石如果张嘴可以明显看到，可以用镊子夹出来，可以到耳鼻咽喉科门诊去取出来的，在耳鼻咽喉科门诊有专门的工具。大部分人都可以取出来的。如果取不出来或者有出血的，就不要盲目去取。就需要通过手术切除扁桃体，才能治疗扁桃体结石的。平时也需要注意保养，尽量避免吃辛辣刺激食物，注意口腔卫生，饭后注意漱口，也可以预防作用。
扁桃体结石不能自愈。扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的症状下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大。
扁桃体结石臭是因为扁桃体慢性、长期发炎导致扁桃体隐窝长期处于阻塞状态，分泌物引流不畅导致上瘾窝里存在上皮细胞脱落、白细胞、淋巴细胞、分泌物、食物残渣混在一起以及不易溶解的钙、镁等无机盐的沉积形成结石。