畸形精子多可能是长期吸烟和饮酒。还有电子产品的辐射，阴囊温度过高，精索静脉曲张。男性泌尿和生殖系统中的某些感染也是男性精子异常的重要原因。影响精子异常的常见感染包括前列腺炎，精囊炎，尿道炎，睾丸炎和附睾炎。
畸形精子对正常的怀孕影响还是比较大的，这时候怀孕有可能会出现胚胎停育，严重会出现流产现象。进一步做一下精子形态学和生精细胞学等检查，查明具体导致精子质量下降的原因，依照调查结果积极接受治疗，可以考虑进行人工授精，通过人工授精进一步筛选成活率高的精子从而达到怀孕的效果。
起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。
出现畸形精子症的病因是非常的多，有泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可导致畸形精子增加，典型的是双头精子，影响精子的质量；使用激素或某些化学药物，如抗癌药可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射，可引起精子的突变；阴囊局部长期高热、长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变。
一般情况下，畸形精子怀孕不是畸形。具体情况分析如下：
男性精液中存在畸形精子，正常情况下，正常情况下男性会出现这种情况，正常情况下不超过60%就可以正常怀孕，而且怀孕后胎儿不会出现畸形，因为受孕是精子快速向前活动，与卵子结合的过程。但是胎儿畸形与其他因素有关系，需要定期进行产检，比如怀孕期间服用药物导致胎儿畸形，或者服用放射性物质。
可以治好的。有人在男性不育病人做精液培养，发现溶脲原体阳性者，高达85%。精液中有支原体时，精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多。连服2周，可恢复生育。夫妻间人工授精：用裴尔科密度梯度离心法，可分离出活动力Ⅲ、Ⅳ级，形态正常的精子达90%，后行人工授精。