肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
肾囊肿穿刺后至少要休息半个月左右，肾囊肿穿刺抽液术后，会有一过性的血尿存在，并可能会有一段时间。目前主要是防止继发泌尿系感染。血液是一个良好的天然培养基，很容易滋生细菌。要积极抗炎治疗，做好预防工作，以免发生肾盂肾炎疾病，影响肾脏代谢和功能。
孕妇出现肾囊肿是不太严重的一种病症。但是建议密切观察。
肾囊肿，顾名思义，就是肾实质的一种囊性病变，通常为良性病变，若肾囊肿的体积很小，只要经常复查。若患者出现血尿、蛋白尿等肾功能损害时，就应该到医院就诊。孕妇若出现肾囊肿，无明显症状，可暂时不需要办理，甚至更大，亦可于投产后处理。建议定期进行产前检查，明确胎儿和孕妇的身体状态。
肾囊肿如果比较大，还是有一定危险性的，囊肿囊壁较薄，较大的囊肿随时都可能在外力撞击时，造成囊肿破裂等，引起出血，因此有一定的危险性，而且囊肿较大时，会影响正常肾功能，引起肾衰竭。