肛瘘的鉴别诊断主要应当与肛门直肠周围常见疾病进行鉴别。比如肛周脓肿，也是一种感染性疾病，病情相对比较急骤，可伴有局部红肿，疼痛及波动感。其次，肛瘘也应当与肛裂进行鉴别，肛裂通常表现为便秘、便血和疼痛症状，肛门周围没瘘口存在。肛周皮脂腺瘤感染破溃之后与也不容易与肛瘘相鉴别，在详细检查之后，可以发现前者并没有与直肠腔内相通的内口。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。