扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。如果不注意刷牙漱口，不注意清理的情况下，容易得扁桃体结石。
扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，因为此处长期阻塞、分泌物引流不畅而成干酪样物积聚，加上不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而成结石，其核心可为小异物、脱落的上皮细胞或细菌等。
扁桃体结石是不会癌变，是上皮过度角化的疾病。扁桃体结石是扁桃体的一个慢性疾病，同时可伴有其他咽喉部黏膜的结石。扁桃体结石，主要是由于扁桃体的急、慢性炎症，导致扁桃体隐窝处的上皮过度角化，局部所形成的一种尖锐的沙粒状物，附着在扁桃体表面。
扁桃体结石的形成，每个人的情况不一样，时间也是有所差别的。这是因为个人不注意口腔卫生，饭后没有及时漱口，导致食物残渣和一些垃圾长期残留在扁桃体隐窝下而形成的，可能是几个月，或者是几年。扁桃体结石一旦形成是很难彻底清理干净的，而且有可能导致慢性扁桃体炎的发生，这时就要结合一些药物进行治疗，或者是考虑手术切除扁桃体。
扁桃体内部存留的脓栓反复排出引起。因为扁桃体内部存有6-20个隐窝，发生急性感染时，隐窝内可以由白细胞和细菌浓缩成脓栓。而在间歇期时，随着吞咽动作的挤压，扁桃体内部的脓栓会逐渐的排出，从而引起一系列的症状。注意口腔卫生，如餐后、睡前刷牙，使用漱口液漱口。也可以尝试扁桃体按摩的方式，促进脓栓的排出，但是远期疗效不是特别好。