一般情况下，胃食管反流患者长期服药可能会有副作用，具体内容如下：
如果患者出现了胃食管反流的情况，通常需要在医生指导下使用质子泵抑制剂来进行治疗，如奥美拉唑肠溶片等，以控制胃酸分泌。而这类药物与食品、营养品的性质有所不同，可能会产生一定的副作用，可能会影响患者胃肠道的菌群平衡状态，长期服药可能对患者的胃肠道功能产生影响。因此，在出现不适症状后，患者应遵医嘱调整药物使用量，或更换药物，以免进一步影响身体健康。
氨基葡萄糖有副作用，不要长期服用。盐酸氨基葡萄糖胶囊是一种镇痛药，用于缓解和预防关节软骨磨损退化引起的关节疼痛。并不能达到治愈的效果，长期服用会有一定的不良反应，如胃肠不适恶心便秘腹胀和腹泻，皮肤红斑皮疹瘙痒等。
这个药物不要长时间口服，以免引起药物性肝炎，或者是胃炎，是间隔一段时间口服，这个药物属于中成药。平时多吃些含维生素多的食物，咽炎属于慢性疾病的，也可以配合雾化吸入治疗观察的，在治疗期间，避免上火，要注意预防感冒，要及时调理。
该药有副作用，不能长期服用，但副作用较少，该药的副作用在服用此药的早期，患者会出现头晕、头痛，还有一些患者会出现胃肠道的不适症状，比如恶心、呕吐，或者有些患者在服用的过程中，出现粒细胞的减少、胆汁淤积性的肝损害。
长期吃阿胶有副作用如有些体质的人吃了容易上火，吃多了会消化不良，阴虚的人吃多了容易燥热，值得注意的是，因阿胶滋腻，有碍脾胃消化功能，因此有胃部胀满、消化不良、饮食不香，属中医学脾胃虚弱者应慎用阿胶。
长期服用会导致过敏、血管神经性水肿、肾功能障碍、肾衰和少尿、心血管系统心肌梗塞或脑血管意外、可能继发于高危病人的血压过低胸痛、心悸、心律失常、心绞痛、雷诺现象。