两者各有优缺点。应该看自身具体情况去选择。普通肠镜的话，一是价钱比较便宜，而且预约时间比较短，再就是操作过程中如果有不舒服的情况可以及时告知，减少肠穿孔的风险。缺点就是有些人不能耐受，会中途停止操作。无痛肠镜优点是检查痛苦比较少，完成度高，但是如果有心血管疾病基础的病人会存在麻醉的风险，如呼吸抑制、心律失常，还会增加肠穿孔的风险。
无痛肠镜就是在普通肠镜的基础上，多了一个无痛麻醉监测费用和麻药的应用。普通肠镜全程操作的时候，是完全清醒的，消化内镜医师持肠镜，由肛门进入依次开始检查。因为结肠较长，可能会出现恶心、腹胀等不适感。
普通的肠镜和无痛的肠镜其实在手法及设备上都是差不多一样的。只是无痛肠镜在做之前需要全麻，全麻后不会有他痛苦的感觉，可以减少一些检查时的不适与风险。无痛肠镜的检查能降低应激反应，从而消除恐惧感和不适感，使内镜检查与治疗操作得以顺利进行，整个检查过程病患呈清醒状态，能进行语言交流和配合检查。
无痛肠镜是在全麻下进行的，机械更小巧更精细，没有痛感，电镜下检查更清晰，但是费用稍高。只要合理用药，加强管理，全麻是不会对人体产生严重危害的。普通肠镜检查是清醒的，用相对较大的传统肠镜从肛门进入镜子来检查肠内结构变化。因检查时肠镜要通过大肠的几个正常的生理弯曲，还要充气才能看清肠内情况，所以会产生腹胀、疼痛等不适感。
一般来说，无痛肠镜没有太大危险。
无痛肠镜没有太大危险，医疗操作规范的情况下风险系数相对较低。
无痛肠镜的风险在于，麻药的过敏反应，个别人会对麻药不耐受，出现呕吐现象，这种现象极少发生。患者在静脉麻醉情况下进行的肠道检查，由于患者处于睡眠过程中，因此完全无痛，患者舒适度高。建议去正规的医院去做，并且做手术之前应该放松心情，不要紧张。
一般情况下，无痛肠镜后恢复清醒即可进食，具体内容如下：
如果患者选择通过无痛肠镜来明确消化道的情况，通常需要在进行检查前进行全身麻醉。因此，当麻醉效果褪去，患者意识恢复清醒后，通常就能开始进食。此时，患者应避免食用辛辣刺激性食物，可以吃一些清淡、易消化的食物，以免食物对肠道黏膜产生刺激。此外，患者在无痛肠镜后进食时应注意控制食用量，以免加重胃肠道负担。