小儿男性生殖器先天畸形主要是胚胎发育时一些原因导致睾丸分化不完全，出现萎缩变形，即无睾症。
部分可能有间质细胞，有男性外生殖器和男性外貌，单睾丸多数不用治疗，手术检查主要是找出腹腔可能存在的隐睾，防止癌变。还有多睾丸，有三个或更多睾丸，大小不一，睾丸发育不全，比正常的要小，非孤立性的症状或其他表现，睾丸因增生变大会有睾丸畸胎瘤，还有可能有先天萎缩，位置异常，如隐睾症、睾丸融合、异位睾丸。
先天性脊柱畸形可以通过坐姿、佩戴矫形支具、外科矫形改善，建议患者积极治疗，具体分析如下：
先天性脊柱畸形有两种类型，一种是姿势性的，另一种是结构性的。坐姿、佩戴矫形支具、定期复查可以改善姿势性先天性脊柱畸形，如果在这个过程中畸形加重或矫形不满意，可以进行外科矫形。结构性先天性脊柱畸形指的是先天性椎体发育不良，比如楔形椎、半椎体，或者是未知的脊柱畸形，不能用支架来矫正，需通过手术治疗。
通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
男性生殖器外伤治疗方法如下：
男性生殖器受到外伤，会导致阴茎局部肿胀、疼痛、淤血的情况，严重的还会影响到睾丸附睾，会使患者睾丸肿大且伴随有坠痛的感觉。患者受到的创伤较小，可用冰袋或湿毛巾进行湿敷。如果受到外界伤害较为严重，则需要及时前往医院就诊，听从医生安排。
建议男性在平时注意保护阴部不受到外界伤害，发现有不适的情况及时就医。
通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
先天性多指畸形需要采取物理治疗和手术治疗。
对于先天多指畸形的儿童，在六个月之前，要注意对主指和多指相邻的手指进行适当的牵引和按摩，以确保主指的正常发育，如果超过了六个月，可以做多指切除手术，也可以做主指的整形手术。儿童在六个月后，手指的神经、血管、肌腱、结构比较清楚，可以采用多指切除，多指与主指各切除一部分，将两根手指合为一根手指。