超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
对于小于8cm的巧克力囊肿，可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；而对于较大的巧克力囊肿，需要以手术治疗为先，以防巧克力囊肿因身体运动引起缔结扭转或破裂而加重病情。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿大于五厘米需要手术治疗，巧克力囊肿还不算大的，暂时不用手术，可以先用中药调理一下，平时要避免劳累剧烈运动，油腻辛辣刺激饮食，之后要再复查下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，要手术处理。
卵巢巧克力囊肿采用的是微创(腹腔镜)手术，腹腔镜手术就是在腹部的不同部位做数个直径5～12毫米的小切口，通过这些小切口插入摄像镜头和各种特殊的手术器械，将插入腹腔内的摄像头所拍摄的腹腔内各种脏器的图像传输到电视屏幕上，外科医生通过观察图像，用各种手术器械在体外进行操作来完成手术。
对于巧克力囊肿，治疗方法分为保守治疗和手术治疗，如果没有任何不舒服，可以定期复查。如果伴有疼痛，反复出血，可能就需要手术治疗。注意休息，合理饮食，保持愉快心情，注意外阴清洁卫生干燥，少吃辛辣食物，定期随访观察。