扁桃体结石的形成，每个人的情况不一样，时间也是有所差别的。这是因为个人不注意口腔卫生，饭后没有及时漱口，导致食物残渣和一些垃圾长期残留在扁桃体隐窝下而形成的，可能是几个月，或者是几年。扁桃体结石一旦形成是很难彻底清理干净的，而且有可能导致慢性扁桃体炎的发生，这时就要结合一些药物进行治疗，或者是考虑手术切除扁桃体。
扁桃体结石的形成是由于扁桃体长期慢性炎症刺激，纤维组织粘连，隐窝口炎症或脱落上皮、菌落阻塞，形成潴留囊肿，扁桃体分泌物中钙盐沉积和组织钙化形成结石。扁桃体结石是一种罕见的营养不良性钙盐沉积。
扁桃体结石是不会癌变，是上皮过度角化的疾病。扁桃体结石是扁桃体的一个慢性疾病，同时可伴有其他咽喉部黏膜的结石。扁桃体结石，主要是由于扁桃体的急、慢性炎症，导致扁桃体隐窝处的上皮过度角化，局部所形成的一种尖锐的沙粒状物，附着在扁桃体表面。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。如果不注意刷牙漱口，不注意清理的情况下，容易得扁桃体结石。